Najważniejsze i największe celebracje Obchodów na Kalwarii Pakoskiej mają miejsce nocą z Wielkiego Czwartku na Wielki Piątek. O godzinie 18.00 w kościele św. Bonawentury celebrowana jest Msza święta Wieczerzy Pańskiej, a potem, o godzinie 20.00, rozpoczyna się pierwsza część Obchodów - Droga Pojmania.

Po modlitwie wstępnej i wzbudzeniu intencji przeżywania Męki Pana i zyskania odpustów przypisanych do celebracji, wyrusza procesja, ze śpiewem pieśni Rozmyślajmy dziś wierni chrześcijanie, do pierwszej kaplicy - Wieczernika, gdzie po wysłuchaniu fragmentu Pisma Świętego, odmawiane są modlitwy związane ze wspominaną tu tajemnicą Ustanowienia Eucharystii, Ojcze nasz, Zdrowaś Maryjo i wezwanie. Następuje procesja do kolejnej stacji. Przy każdej kaplicy - stacji ryt jest taki sam. Podczas tej pierwszej części Obchodów nawiedzane są kaplice: Wieczernik, Pożegnanie z Matką, Ogród oliwny, Judasz, Potok Cedron, Brama jerozolimska, Annasz, Kajfasz - Więzienie. Przy tej ostatniej kaplicy około godziny 23 kończy się celebracja Drogi Pojmania odśpiewaniem "Pieśni na dobranoc Panu Jezusowi".

O godzinie 3.00 w nocy, śpiewem pieśni "Na dzień dobry Panu Jezusowi", rozpoczyna się druga cześć celebracji Droga Męki a pierwszą stacją jest Tajemnica Wyprowadzenie z więzienia. Następnie nawiedzane są kaplice: Piłat - oskarżenie; Herod; Piłat - Jezus skazany na biczowanie, Biczowanie, Ukoronowanie cierniową koroną, Umycie rąk, Oto Człowiek, Skazanie na śmierć; Włożenie krzyża, Pierwszy upadek, Spotkanie z Matką, Szymon z Cyreny, Weronika, Drugi upadek, Pobożne niewiasty, Trzeci upadek, Obnażenie z szat, Przybicie do krzyża, Śmierć na krzyżu, Zdjęcie z krzyża, Złożenie do Grobu. Według niepisanej tradycji przekazywanej z pokolenia na pokolenie, wierni winni uczestniczyć w obydwu częściach Obchodów, Drodze Pojmania i Drodze Męki.

Po reformie kalendarza liturgicznego te dwa święta zostały złączone w jedną uroczystość obchodzoną 14 września.               Na Kalwarii Pakoskiej jednak zachował się zwyczaj celebrowania dwóch dni świątecznych według starego kalendarza, jednak nie w sam dzień obchodu, lecz w niedzielę najbliższą datom 3 maja i 14 września. Jak już wcześniej była mowa, podczas tych Obchodów nawiedzane są wszystkie kaplice należące do kompleksu kalwaryjskiego. 

Zgodnie z tradycją sięgającą samych początków Kalwarii w Pakości, Obchody kalwaryjskie odbywają się w wigilię Uroczystości. Rozpoczęcie ma miejsce w kościele św. Bonawentury w godzinach wieczornych. Stąd procesja udaje się            do najdalej wysuniętej na skraj miasta - kaplicy Wniebowstąpienia. 

Ryt jest taki sam, jak podczas Obchodów w Wielkim Tygodniu, to jest procesja ze śpiewem wprowadzającym w tajemnicę wspominanego wydarzenia, odczytanie Słowa Bożego, modlitwy związane z tajemnicą Stacji, wezwanie. Jak już wspomniano, Obchody związane ze Świętami Krzyża św. polegają na nawiedzeniu wszystkich 25 kaplic stanowiących Kalwarię w porządku linearnym. Po nawiedzeniu kaplic śpiewa się hymn Ciebie Boga wysławiamy i następuje zakończenie celebracji.
W niedzielę, w którą obchodzi się Święto Krzyża św. w godzinach południowych na Wzgórzu Kalwaryjskim celebrowana jest Uroczysta Suma odpustowa, na zakończenie której czczona jest Relikwia Krzyża św.